Он был утверждён 22 июня 2000 года постановлением Белгородской областной Думы . Флаг является символом Белгородской области Российской Федерации.
История флага Белгородской области уходит корнями в глубокую древность.
О первых русских знаменах-стягах имеются известия уже в «Повести временных лет». На Куликовом поле русские полки сражались под огромным багряно-красным стягом Дмитрия Донского с Нерукотворным Спасом. Первым государственное знаменем России стало белое гербовое знамя царя Алексея Михайловича. С эти именем связано и появление в России трехцветного флага. Большую роль для развития государственного флага России сыграл Петр I. Именно в его царствование появилась символика Белгородской земли.
Впервые белгородская эмблема-предгерб, изображающая золотого льва и над ним орла появилась на ротных знамёнах Белгородского армейского пехотного полка, изготовленных в оружейной палате в 1712 году. Появление этих символов связано с достойным участием белгородцев в составе Белгородского армейского полевого полка в Северной войне и особенно проявленном мужестве и отваге пехотинцев-белгородцев в Полтавской битве, окончившейся полным разгромом шведов. Лев в Белгородском гербе олицетворял побеждённую Швецию — изображение льва было на королевском знамени Карла 12, а орёл был изображен на знамени предводителя русских войск — царя Петра I.
При первом губернаторе Белгородской губернии Трубецком был утвержден белгородский губернский герб, удостоенный «высочайшей апробации» 3 марта 1730 года. «В золотом щите, на голубом поле жёлтый лев, на зелёной земле, и, над ним, одноглавый черный орёл». Именно он взят в качестве официального символа сегодняшней Белгородчины и прочно занял свое место на ее флаге. В своей основе флаг Белгородской области воспроизводит цвета и фигуры исторических знамен Белгородских полков, также исторического флага России.
Прямоугольное полотнище флага Белгородской области разделено синим крестом на четыре части. Синий крест символизирует славу, честь и верность, небо Белгородчины. Белый цвет одного из полей — чистоту, благородство а так же богатые залежи и производство мела, молока и сахара, зеленый — свободу, надежда, изобилие и плодородие земли, полей и лесов, красный — мужество, храбрость, кровь, пролитую защитниками Отечества на Белгородский рубежах в XVI – XX веках, черный — благоразумие, постоянность и богатство почвы, ее чернозем и недра.